本片的主人公刘阳为结婚欠下高利贷，失去了一切。接受不了打击而患上抑郁症的他在街上流浪时发生车祸，进入到另一个世界，不仅失去了原本的记忆，还莫名其妙被一个黑衣人追杀，后来被一个叫清月的女孩所救。但未曾料想刘阳的到来却成为了清月家乡灾难的开始，大地崩塌，家园尽毁，清月母亲也死于这一场灾难，而清月与刘阳也因此而走散。但是，清月却不顾父亲和族人的劝阻，独自一人发誓要找到刘阳。此时的刘阳却再次遭受到了神秘面具人的追杀，危险之际，清月再一次救了刘阳。这次，神秘人却是连清月都要一起灭杀，危难时刻，清月父亲带着族人赶到，

大和国皇帝身体日渐衰弱，武州国蠢蠢欲动，各大阵营各怀鬼胎。太子宁潇继位之际，皇帝受小人唆使，逼迫宁潇与丞相林甫之女结婚，宁潇不从，设计逃婚。林甫随即派出黑衣人追杀，重伤的宁潇被医女白芷救下。性格冷僻的宁潇本不愿接受白芷的帮助，却抵不过白芷的热情，渐渐对白芷敞开心扉，两人间生出了不一样的情愫。宁潇暗中派手下查探黑衣人身份，另一边林甫也在派探子调查宁潇的下落。林甫有一义女若溪，是武州国的公主。林甫密件若溪，让其时刻监视武州国将军魏疏的势力情况。宁潇恢复后决定南下调查武州国通敌之事，白芷不愿与其分开，为保护白芷

英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救世界 。各种脑洞大开的外星人和颠覆想象的高科技装备轮番登场，热血沸腾惊心动魄的动作追车场面层出不穷，完美构建出全新的黑衣人宇宙观。

柳如丝本性格温柔又带些懦弱，因不想嫁给父亲指定的结婚对象陌轩宇而女扮男装去酒馆借酒浇愁。巧遇刚被黑衣人追杀的勋王爷百里清玄，而喝完酒的柳如丝性情大变，朦胧之间看到百里清玄，一见倾心并上前调戏。自此以后，不只是柳如丝的二娘为了陷害柳如丝，在她的点心里掺酒害她出丑，就连柳如丝自己的第二个人格都告诉自己的丫鬟，每日亥时之前要喂她吃酒。另一边，不知道百里清玄患有绝症的皇上忌惮百里清玄的兵权，怕他起兵造反，不断地在派黑衣人追杀百里清玄，却从未得手。偶然的机会，百里清玄得知，原来柳如丝的血可以救自己，只要换血就可以，

专栏作家Jenny（朱茵 饰）对其妹Regina就读艺术进修中心近日发生的离奇命案深感不安，决定深入校园暗中调查，希望早日擒凶，终止悲剧。在查案期间，曾引起Jenny怀疑的老师和学生都相继被杀。原来命案凶手黑衣人是用谋杀来进行艺术创作，用画作描绘着人性五种堕落根性：骄傲、淫乱、愚蠢、贪恋、痴情。黑衣人最后的猎物Regina也步上不归路。这时，Jenny和梁老师也开始展开营救。

患有怪病的贵嫔苏芩，入宫后偶遇黑衣人“病中病”劫持，并以与宁安王陆寰相守成婚为条件达成“弑君”协定，在风波中二人共赴生死逐渐感情升温。

英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救世界 。各种脑洞大开的外星人和颠覆想象的高科技装备轮番登场，热血沸腾惊心动魄的动作追车场面层出不穷，完美构建出全新的黑衣人宇宙观。

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非

观世音的前世慈航大士面对佛祖立下宏愿，转世人间度醒众生，点悟从善之道，使众生脱离苦海。正当慈航大士转世妙庄王国三公主妙善时，黑衣魔女亦翻卷乌云，包围祥云一起落入妙庄王的寝宫，言三公主乃妖魔附体，不除掉三公主江山难保的舆论蛊惑大臣百姓。宰相霍羽一心谋取王位，也以此为由逼迫国王将女婴投海......三公主得救后，黑衣魔女恶心不死，追至大香山以魔法对冒险救助并精心养育妙善的尹妈一家制造病伤事故威胁尹家夫妇。计不得逞，又将尹妙父女推下山崖，欲置妙善于死地。妙善经历种种磨难长大成人，晨钟暮鼓，一心向佛。她得到佛祖的

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。