大师兄容云鹤带着两个师弟下山，偶遇姬瑶被黑衣人重伤，危急时刻出手相救。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球…

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非

改编自1997年的同名电影，这部动画主要讲述了关于一个由致力于为地球上的外星人提供星际移民服务的男人所组成的秘密政府组织的故事。

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前往半人马座行星系统的“彼岸”工程是一次赌博般的探险，而这几乎已经失败的旅程阴差阳错成为了人类文明最后的希望。但是“彼岸”工程的最终成功与否，却全部系于林夏独自一人的孤岛之旅。这座充满回忆的孤岛，尾随而来的黑衣人，只有24个小时，疲惫的她如何拯救这个被超新星爆发定格的世界？

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭…

改编自1997年的同名电影，这部动画主要讲述了关于一个由致力于为地球上的外星人提供星际移民服务的男人所组成的秘密政府组织的故事。

改编自1997年的同名电影，这部动画主要讲述了关于一个由致力于为地球上的外星人提供星际移民服务的男人所组成的秘密政府组织的故事。